Selçuklular'ın Anadolu'ya girmesinden sonra Danişmentoğulları Amisos'a akınlar yaptılarsa da burayı alamadılar. Amisos şehri Anadolu Selçuklu Sultanı II.Kılıçarslan tarafından Selçuklu hakimiyetine alındı. Türkler burada "Müslüman Samsun" u kurdular. Bundan sonra arap kaynaklarında "Samsun", Batı kaynaklarında ise "Sampson" adına rastlanmaktadır. Sultan II.Kılıçarslan ülkesini onbir oğlu arasında paylaştırdığı zaman (1185) Samsun, Rükneddin Süleyman Şah'ın payına düştü. Samsun Selçuklular'ın hakimiyetinde olmasına rağmen şehrin eski yerleşim yeri olan ve bugün bile "Kara Samsun" veya "Gavur Samsun" diye bilinen kısmı daha uzun süre Bizans ve Cenevizliler'in elinde kaldı. Müslüman Samsun'un yanında hristiyanların oturduğu "Kara Samsun" un yaklşıl 230 yıl gibi uzun bir süre bağımsız yaşayabilmesi, ortak çıkarlar temeline dayanan bir ilişki ile mümkün olmuştur. Nitekim denizcilik alanında henüz gelişmemiş olan Selçuklular bu konuda hristiyanlardan faydalanırken, onlar da güvenli bir şekilde Selçuklular'dan aldıkları ticaret eşyalarını deniz yoluyla Karadeniz'in diğer limanlarına ve Avrupa'ya naklediyorlardı. İstanbul'un 1204 Tarihinde Latinler tarafından alınması üzerine Samsun'un hristiyanları elinde kalan bu kısmı İznik Rum İmparatorluğu'na bağlı kaldı. Bir ara Trabzon Rum İmparatoru "Alexios Kommenos" tarafından kuşatıldıysa da alınamadı. Kuşatmanın başarısız kalmasında hristiyan kesime Selçuklular'ın yardım etmesinin de payı büyük oldu. Anadolu Selçuklu Devleti'nin dağılmasından sonra müslüman Samsun, ilhanlılar'ın eline geçti. Amisos ise burada eskiden beri burada kuvvetli bir tüccar zümresi bulunduran Cenovalılar'ın eline geçti. Cenevizliler Samsun'u bir asırdan fazla ellerinde tuttular. Müslüman samsun ve çevresinde ise birtakım küçük beylikler doğdu. Bu beylikler bazen Canaroğulları'na, bazen bazen Eretna Beyliği'ne (Kayseri), bazen de Osmanlılar'a dayanarak varlıklarını sürdürdüler. "Canik Beyleri" Adıyla bilinenler şunlardı; Canik, Ladik ve çevresinde "Kubadoğulları", Ordu ve Giresun tarafında "Emiroğulları", Niksar, Terme ve Çarşamba civarında "Taşanoğulları", Bafra ovasında "Bafra Beyliği". Bu beylikler daha sonra Osmanlı Hakimiyetine girmişlerdir.